1. Zjistěte absorbanci roztoku RNA

Absorbance při 280, 320, 230 a 260 nm představuje hodnoty nukleové kyseliny, pozadí (zákal roztoku), koncentrace soli a organické hmoty, jako je protein.Obecně se podívejte pouze na OD260/OD280 (poměr, R).Když je 1,8~2,0, myslíme si, že kontaminaci proteinem nebo jinou organickou hmotou v RNA lze tolerovat, ale je třeba poznamenat, že když je Tris použit jako pufr k detekci absorbance, hodnota R může být větší než 2 (obecně by měla být <2,2).Když R<1,8, znečištění proteinem nebo jinou organickou hmotou v roztoku je zjevnější a osud RNA lze určit podle potřeb.Když R>2,2, znamená to, že RNA byla hydrolyzována na jedinou nukleovou kyselinu.
 
2.Elektroforetický vzor RNA
Obecně se pro elektroforézu RNA používá denaturační gel, ale pokud jde pouze o detekci kvality RNA, denaturační gel není nutný a lze použít běžný agarózový gel.Účelem elektroforézy je detekovat integritu pásů 28S a 18S a jejich poměr, případně integritu nátěru mRNA.Obecně platí, že pokud jsou pruhy 28S a 18S jasné, jasné a ostré (s odkazem na okraje pruhů jsou jasné) a jasnost 28S je více než dvojnásobná než u pruhu 18S, považujeme kvalitu RNA za dobrou.
Výše uvedené jsou dvě metody, které běžně používáme, ale žádná z těchto dvou metod nám jasně neřekne, zda je v roztoku RNA zbytková RNáza.Pokud je v roztoku velmi malé množství RNázy, je pro nás obtížné ji výše uvedenou metodou detekovat, ale většina následných enzymatických reakcí probíhá při teplotě nad 37 stupňů a po dlouhou dobu.Tímto způsobem, pokud je v roztoku RNA velmi malé množství RNázy, pak bude velmi vhodné prostředí a čas hrát svou roli v následných experimentech a samozřejmě bude experiment v tuto dobu studený.Níže uvádíme metodu, která může potvrdit, zda je v roztoku RNA zbytková RNáza.
 
3. Zkouška tepelné ochrany
Podle koncentrace vzorku odeberte z roztoku RNA dvě 1000 ng RNA a přidejte je do 0,5 ml centrifugační zkumavky a doplňte Tris pufrem pH 7,0 na celkový objem 10 ul a poté uzavřete uzávěr zkumavky.Jeden z nich vložte do vodní lázně se stálou teplotou 70 °C a udržujte v teple po dobu 1 hodiny.Druhá část byla uložena v chladničce -20 °C po dobu 1 hodiny.Po uplynutí času odeberte dva vzorky pro elektroforézu.Po dokončení elektroforézy porovnejte elektroforetické pásy obou.Pokud jsou pásy těchto dvou konzistentní nebo nemají žádný významný rozdíl (jejich pásy samozřejmě také splňují podmínky v metodě 2), znamená to, že v roztoku RNA není žádná zbytková kontaminace RNázou a kvalita RNA je velmi dobrá.Naopak, pokud vzorek inkubovaný při 70 °C vykazuje zjevnou degradaci, znamená to, že v roztoku RNA je kontaminace RNázou.
 
2 Experimentální metody a techniky extrakce RNA
Problémy, se kterými se často setkáváme při extrakci RNA, jsou: (1) výtěžek RNA je nízký;(2) RNA má vážné znečištění solí;(3) RNA má vážné znečištění organickými rozpouštědly;(4) degradace vzorku a další problémy
 
1. Běžně používaná činidla pro extrakci celkové RNA
Metoda guanidinisothiokyanát a metoda Trizol jsou nejčastěji používané metody pro extrakci celkové RNA ze zvířecích tkání a živočišných buněk.Je zvláště vhodný pro malé vzorky a tkáně, které je obzvláště obtížné extrahovat, jako je extrakce celkové RNA z králičí kůže a pojivové tkáně zvířat;kromě toho lze Trizol jako univerzální lyzační činidlo použít také pro extrakci rostlinných tkání, bakterií, hub a dalších tkání.U rostlinných tkání obsahujících polysacharidy a polyfenoly, jako je kamélie olejná, čajové listy, řepka atd., lze k extrakci celkové RNA použít také metodu CTAB.

Jako konvenční metoda je dvoukolonová metoda také velmi oblíbená díky svému normálnímu teplotnímu provozu, bez nutnosti přidávat RNázu a bezpečnosti – bez chloroformu, fenolů a dalších organických činidel pro extrakci.(doporučené produkty )