• Facebook
  • linkedin
  • Youtube

Vznik linie SARS-CoV-2 B.1.1.7

Spojené státy americké, 29. prosince 202012. ledna 2021

Summer E. Galloway, PhD 1 ;Prabasaj Paul, PhD 1 ;Duncan R. MacCannell, PhD 2;Michael A. Johansson, PhD 1;

John T. Brooks, MD 1;Adam MacNeil, PhD 1 ;Rachel B. Slayton, PhD 1;Suxiang Tong, PhD 1 ;Benjamin J. Silk, PhD 1;Gregory L. Armstrong, MD 2;

Matthew Biggerstaff, ScD 1;Vivien G. Dugan, PhD

15. ledna 2021 byla tato zpráva zveřejněna jako MMWRPředčasné vydání na webu MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

Dne 14. prosince 2020 podala zprávu Spojené královstvíSARS-CoV-2 varianta obavy (VOC), linie B.1.1.7,také označováno jako VOC 202012/01 nebo 20I/501Y.V1.*Varianta B.1.1.7 se odhaduje na září2020 a rychle se stal dominantním v oběhuVarianta SARS-CoV-2 v Anglii (1).B.1.1.7 bylozjištěno ve více než 30 zemích, včetně Spojených států.Tak jakoze dne 13. ledna 2021 má přibližně 76 případů B.1.1.7byly zjištěny ve 12 státech USA.Několik řádků důkazůindikují, že B.1.1.7 je přenášen efektivněji než jsoudalší varianty SARS-CoV-2 (13).Modelovaná trajektorietato varianta v USA vykazuje rychlý růst na začátku roku 2021,se v březnu stává převládající variantou.ZvýšenýPřenos SARS-CoV-2 by mohl ohrozit napjatou zdravotní péčizdrojů, vyžadují rozšířenou a důslednější implementacistrategií veřejného zdraví (4) a zvýšit procentoimunita populace nutná pro kontrolu pandemie.brátopatření ke snížení přenosu nyní mohou snížit potenciáldopad B.1.1.7 a ponechat kritický čas na zvýšení vakcinacepokrytí.Společně posílený genomický dohledv kombinaci s trvalým dodržováním účinné veřejnézdravotní opatření, včetně očkování, fyzického odstupu,používání roušek, hygiena rukou a izolace a karanténa, budebýt zásadní pro omezení šíření viru SARS-CoV-2který způsobuje onemocnění koronavirem 2019 (COVID-19).Strategickýtestování osob bez příznaků, ale s vyšším rizikeminfekce, jako jsou ti, kteří byli vystaveni SARS-CoV-2 nebo kteří ji majíčastý nevyhnutelný kontakt s veřejností, poskytuje dalšípříležitost omezit probíhající šíření.

Globální sledování genomu a rychlé sdílení s otevřeným zdrojovým kódeming sekvencí virového genomu usnadnily téměř v reálném časedetekce, srovnání a sledování vyvíjejícího se SARS-CoV-2varianty, které mohou informovat veřejné zdraví o úsilí o kontrolupandemický.Kdežto nějaké mutace ve virovém genomuse objeví a pak ustoupí, ostatní mohou poskytnout selektivní výhodustupně k variantě, včetně zvýšené propustnosti, takžetaková varianta může rychle dominovat ostatním cirkulujícím variantám.

Na začátku pandemie varianty SARS-CoV-2 obsahujícímutace D614G v proteinu spike (S), která se zvyšujeavidita vazby na receptor se u mnoha rychle stala dominantnígeografické oblasti (5,6).Koncem podzimu 2020 několik zemí hlásilo detekciVarianty SARS-CoV-2, které se šíří efektivněji.Navíck variantě B.1.1.7, pozoruhodné varianty zahrnují B.1.351linie poprvé zjištěná v Jižní Africe a nedávno identifikovanáB.1.1.28 podklad (přejmenovánP.1) zjištěna u čtyř cestujícíchz Brazílie během rutinního promítání na Haneda (Tokio)LETIŠTĚ.§ Tyto varianty nesou konstelaci genetických mutiontů, včetně vazebné domény pro receptor S proteinu,který je nezbytný pro vazbu na hostitelskou buňku angiotensin-konvertující enzym-2 (ACE-2) receptor pro usnadnění viruvstup.Důkazy naznačují, že v nich byly nalezeny další mutacevarianty by mohly poskytnout nejen zvýšenou propustnost, ale takémůže také ovlivnit výkon některých diagnostik v reálném časereverzní transkripcepolymerázová řetězová reakce (RT-PCR)testya snížit náchylnost k neutralizačním protilátkám(2,3,510).Nedávná kazuistika dokumentovala první případReinfekce SARS-CoV-2 v Brazílii variantou SARS-CoV-2který obsahoval mutaci E484K,** která byla ukázánake snížení neutralizace rekonvalescentními séry a monoklonálnímiprotilátky (9,10).

Tato zpráva se zaměřuje na vznik varianty B.1.1.7ve Spojených státech.Od 12. ledna 2021 aniB.1.351 ani varianty P.1 nebyly detekovány vSpojené státy.Informace o nově vznikajícím SARS-CoV-2varianty zájmu, CDC udržuje webovou stránku věnovanouposkytování informací o vznikajících variantách SARS-CoV-2.††

 B.1.1.7 linie (20I/501Y.V1)

Varianta B.1.1.7 nese mutaci v proteinu S(N501Y), který ovlivňuje konformaci vazby na receptordoména.Tato varianta má 13 dalších mutací definujících linii B.1.1.7 (tabulka), z nichž několik je v proteinu S,včetně delece na pozicích 69 a 70 (del6970) tose spontánně vyvinul v jiných variantách SARS-CoV-2 a jepředpokládá se zvýšení propustnosti (2,7).Vymazánína pozicích 69 a 70 způsobuje selhání cíle S-genu (SGTF)v alespoň jedné RT-PCRdiagnostický test na bázi (tjTest ThermoFisher Taq Path COVID-19, variace B.1.1.7mravenec a další varianty s del6970 produkuje negativvýsledek pro cíl S-genu a pozitivní výsledek pro další dvacíle);SGTF sloužil jako zástupce ve Spojeném královstvípro identifikaci případů B.1.1.7 (1).Vícenásobné důkazy naznačují, že B.1.1.7 je víceefektivně přenášeny ve srovnání s jinými SARS-CoV-2varianty obíhající ve Spojeném království.Regiony Spojeného království svyšší podíl sekvencí B.1.1.7 měl rychlejší epidemiirůst než v jiných oblastech, diagnózy s SGTF vzrostlyrychlejší než ne-SGTF diagnózy ve stejných oblastech a avyšší podíl kontaktů byl infikován indexovými pacientys infekcemi B.1.1.7 než u indexových pacientů infikovanýchdalší varianty (1,3).Varianta B.1.1.7 má potenciál zvýšit panorámu USAdemické trajektorie v nadcházejících měsících.Pro ilustraci tohoto efektu,byl vyvinut jednoduchý, dvouvariantní kompartmentový model.Současná prevalence B.1.1.7 v USA mezi všemi cirkulujícímivirů je neznámý, ale předpokládá se, že je <0,5 % na základěomezený počet zjištěných případů a údaje SGTF (8).Promodel, počáteční předpoklady zahrnovaly prevalenci B.1.1.70,5 % ze všech infekcí, imunita vůči SARS-CoV-2předchozí infekce 10 %30%, časově proměnná reprodukcečíslo (Rt) 1,1 (zmírněný, ale zvyšující se přenos)nebo 0,9 (klesající přenos) pro současné varianty a hlášena incidence 60 případů na 100 000 osob za den1. ledna 2021. Tyto předpoklady přesně nevyjadřujíjakékoli jednotlivé umístění v USA, ale spíše naznačují zobecněnípodmínky běžné v celé zemi.Změna R t přesčas vyplývající ze získané imunity a zvyšující se prevaB.1.1.7 byla modelována s předpokladem B.1.1.7 Rtbýt konstanta 1,5 násobku R t aktuálních variant, na základěprvní odhady ze Spojeného království (1,3).Dále byl modelován potenciální dopad očkováníza předpokladu, že byl podán 1 milion dávek vakcínyden počínaje 1. lednem 2021 a 95% imunitoubylo dosaženo 14 dnů po podání 2 dávek.konkrétněimunitu proti infekci buď současnými variantami neboPředpokládala se varianta B.1.1.7, i když účinnost atrvání ochrany před infekcí zůstává nejisté,protože to nebyl primární cíl klinických studiípro počáteční vakcíny.V tomto modelu je prevalence B.1.1.7 zpočátku nízká, ale protožeje přenosnější než jsou současné varianty, vykazujerychlý růst na začátku roku 2021, který se stal převládajícím varimravenec v březnu (obrázek 1).Zda přenos prouduvariant se zvyšuje (počáteční Rt = 1,1) nebo pomalu klesá(počáteční Rt = 0,9) v lednu vede B.1.1.7 k podstatné změněv trajektorii přenosu a nové fázi exponenciályrůst.S očkováním, které chrání před infekcí,rané trajektorie epidemie se nemění a B.1.1.7 se šíříse stále vyskytuje (obrázek 2).Poté, co se však B.1.1.7 stanedominantní varianta, její přenos byl podstatně omezen.Vliv očkování na snížení přenosu v blízkém okolítermín byl nejvyšší ve scénáři, ve kterém byl přenosjiž klesající (počáteční Rt = 0,9) (obrázek 2).Rané snahy, žemůže omezit šíření varianty B.1.1.7, jako je univerzální avětší soulad se strategiemi pro zmírňování veřejného zdraví,umožní více času na probíhající očkování k dosažení vyššíimunita na úrovni populace.

Diskuse

V současné době není znám žádný rozdíl v klinických výsledcíchspojené s popsanými variantami SARS-CoV-2;nicméně,vyšší rychlost přenosu povede k dalšímu nárůstu případůcelkový počet osob, které potřebují klinickou péči, exacerodlehčení již tak napjatého systému zdravotní péče,a výsledkem je více úmrtí.Pokračující sledování genomuk identifikaci případů B.1.1.7, jakož i vzniku dalšíchvariant znepokojení ve Spojených státech, je důležité proReakce veřejného zdraví na COVID-19.Kdežto výsledky SGTFmůže pomoci identifikovat potenciální případy B.1.1.7, které lze potvrditsekvenováním, identifikací prioritních variant, které nevykazujíSGTF se spoléhá výhradně na sledování založené na sekvencích.

 

 

 

Označení varianty

První identifikace  

Charakteristické mutace

(protein: mutace)

Počet aktuálních případů potvrzených pořadím č

země s

sekvence

Umístění datum Spojené státy Celosvětově  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Spojené království září 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15,369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Jižní Afrika října 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brazílie a Japonsko ledna 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Zkratky: del = vymazání;E = obalový protein;N = nukleokapsidový protein;ORF = otevřený čtecí rámec;S = spike protein.

Zkušenosti ve Spojeném království a modely B.1.1.7uvedené v této zprávě ilustrují dopad nakažlivějšívarianta může mít na počtu případů v populaci.Thezvýšená propustnost této varianty vyžaduje ještě vícepřísné kombinované provádění očkování a mitigaopatření (např. distancování, maskování a hygiena rukou)kontrolovat šíření SARS-CoV-2.Tato opatření budouúčinnější, pokud jsou zavedeny spíše dříve než pozdějizpomalit počáteční šíření varianty B.1.1.7.Úsilí opřipravit zdravotnický systém na další nápory případůzaručeno.Zvýšená propustnost také znamená vyššínež předpokládané proočkovanosti musí být dosaženodosáhnout stejné úrovně kontroly nemocí pro ochranu veřejnostive srovnání s méně přenosnými variantami.Ve spolupráci s akademickými, průmyslovými, státními, územními,kmenové a místní partneři, CDC a další federální agenturykoordinují a posilují genomický dozor asnahy o charakterizaci virů v celých Spojených státech.CDCkoordinuje úsilí USA o sekvenování prostřednictvím SARS-CoV-2Sekvenování pro reakci veřejného zdraví na mimořádné události,Epidemiologie a dohled (SPHERES)§§konsorcium,která zahrnuje přibližně 170 zúčastněných institucí a podporuje otevřené sdílení dat pro usnadnění používání SARS-CoV-2sekvenční data.Chcete-li sledovat vývoj viru SARS-CoV-2, CDC jek pochopení implementace mnohostranného genomického dozoruepidemiologické, imunologické a evoluční procesykteré formují virové fylogeneze (fylodynamiku);průvodce ohniskovyšetřování;a usnadnit detekci a charakterizacimožné reinfekce, případy průlomu vakcíny avznikající virové varianty.V listopadu 2020 byla založena CDCNárodní program pro sledování kmenů SARS-CoV-2 (NS3).zlepšit reprezentativnost domácího SARS-CoV-2sekvence.Program spolupracuje s 64 americkou veřejnostízdravotnické laboratoře na podporu systému genomického dozoru;NS3 také buduje sbírku vzorků SARS-CoV-2 asekvence na podporu reakce veřejného zdraví a vědeckévýzkum k vyhodnocení dopadu příslušných mutací nastávající doporučená lékařská protiopatření.CDC mátaké uzavřel smlouvu s několika velkými komerčními klinickými laboratořemitory rychle sekvenovat desítky tisíc SARS-CoV-2pozitivních vzorků každý měsíc a financoval sedm akademickýchinstituce, aby prováděly genomický dozor v partnerstvís agenturami veřejného zdraví, čímž podstatnědostupnost včasných údajů o genomickém sledování z celého světaSpojené státy.Kromě těchto národních iniciativmnoho státních a místních úřadů veřejného zdraví postupuje

OBRÁZEK ​​1. Simulované trajektorie výskytu případů* současných variant SARS-CoV-2 a varianty B.1.1.7,za předpokladu žádného komunitního očkovánía buď počáteční Rt = 1,1 (A) nebo počáteční Rt = 0,9 (B) pro současné variantySpojené státy, ledendubna 2021

 

Obrázek 1
obrázek 2
zkratky
Obrázek 1

SARS-CoV-2, abychom lépe porozuměli místní epidemiologii apodporovat reakci veřejného zdraví na pandemii.Zjištění v této zprávě podléhají nejméně třem limitůmstanic.Za prvé, velikost nárůstu transmisibiluve Spojených státech ve srovnání s tím pozorovaným ve Spojených státechVelká Británie zůstává nejasná.Za druhé, prevalenceB.1.1.7 ve Spojených státech je v tuto chvíli také neznámý, aledetekce variant a odhad prevalence se zlepšíse zvýšeným úsilím USA o sledování.Konečně místní mitigaopatření jsou také velmi variabilní, což vede k rozdílůmRt.Konkrétní výsledky zde uvedené jsou založeny na simulacia nepředpokládají žádné změny ve zmírňování po 1. lednu.Zvýšená propustnost válečné varianty B.1.1.7chválí důsledné provádění strategií veřejného zdravísnížit přenos a snížit potenciální dopad B.1.1.7,nákup kritického času pro zvýšení proočkovanosti.CDC'Sdata z modelování ukazují, že univerzální použití a zvýšená komplizásadní význam pro to mají zmírňující opatření a očkovánípodstatně snížit počet nových případů a úmrtínadcházející měsíce.Dále strategické testování osob bezpříznaky COVID-19, ale kteří jsou vystaveni zvýšenému rizikuinfekce SARS-CoV-2, poskytuje další příležitostomezit probíhající šíření.Společně vylepšený genomický dohledv kombinaci se zvýšeným dodržováním veřejného zdravízmírňující strategie, včetně očkování, fyzická distancpoužívání roušek, hygiena rukou a izolace a karanténa,bude zásadní pro omezení šíření SARS-CoV-2 aochrany veřejného zdraví.

Poděkování

Členové Sekvence pro veřejné zdraví Emergencykonsorcium reakce, epidemiologie a dohledu;státní a místnílaboratoře veřejného zdraví;Asociace laboratoří veřejného zdraví;tým CDC pro reakci na COVID-19;Obor respiračních virů,Division of Viral Diseases, CDC.Formulář editorů Medical Journal pro zveřejnění potenciálníchstřet zájmů.Nebyly odhaleny žádné potenciální střety zájmů.

Reference

1. Veřejné zdraví Anglie.Vyšetřování nové varianty SARS-CoV-2: obava 202012/01, technický briefing 3. Londýn, Spojené království: Public Health England;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP a kol.Opakovaný vznik a přenos delece ΔH69/V70 hrotu SARS-CoV-2.bioRxiv[Preprint zveřejněno online 14. ledna 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M a kol.Přenos SARS-CoV-2 linie B.1.1.7 v Anglii: poznatky z propojení epidemiologických a genetických dat.medRxiv [Předtisk zveřejněn online 4. ledna 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, a kol.;Tým CDC pro reakci na COVID-19.Shrnutí pokynů pro strategie veřejného zdraví pro řešení vysoké úrovně komunitního přenosu SARS-CoV-2 a souvisejících úmrtí, prosinec 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15585/mmwr2.
5. Volz E, Hill V, McCrone JT a kol.;COG-UK konsorcium.Hodnocení účinků hrotové mutace SARS-CoV-2 D614G na přenositelnost a patogenitu.Cell 2021;184:64–75.e11.PMID: 33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, a kol.;Sheffield COVID-19 Genomics Group.Sledování změn v nárůstu SARS-CoV-2: důkaz, že D614G zvyšuje infekčnost viru COVID-19.Buňka
2020;182:812–27.PMID: 32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, a kol.Přirozené delece v SARS-CoV-2 spike glykoprotein řídící protilátka unikají.bioRxiv [Předtisk zveřejněn online 19. listopadu 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu Vzory výpadků genu JT.S v testech SARS-CoV-2 naznačují šíření mutace H69del/V70del v USA.medRxiv [Předtisk zveřejněn online 30. prosince 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et al.Unikněte před neutralizačními protilátkami variantami spike proteinu SARS-CoV-2.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.Komplexní mapování mutací vazebné domény SARS-CoV-2 receptoru, které ovlivňují rozpoznávání polyklonálními protilátkami lidského séra.bioRxiv [Předtisk zveřejněn online 4. ledna 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Čas odeslání: 11. února 2021